Hiện nay chưa có phương pháp phòng bệnh đặc hiệu cho Bệnh Tay – Chân - Miệng cũng như các bệnh khác do enterovirrus không phải bại liệt khác tuy nhiên biện pháp vệ sinh chặt chẽ có thể hạ thấp nguy cơ nhiễm bệnh. Các biện pháp có tác dụng là thường xuyên rửa tay đặc biệt là sau mỗi lần thay tã.

Những nơi bị nhiễm bệnh có thể được làm sạch trước tiên bằng nước xà phòng sau đó khử trùng bằng dung dịch chứa chlor. Tránh các tiếp xúc thân mật với người bệnh như hôn, vuốt ve, dùng chung dụng cụ…